미 회계감사국은 미 국방부 소속 사업비용분석평가국(CAPE : Cost and Asesment Program Evaluation)에서 분석한 자료를 인용하여 록히드 마틴사의 F35 LightningⅡ 전투기의 유지비용이 기존 전투기들에 비해 상당히 많은 예산이 소요되어야 할 것이라고 상급 기관에 보고한 것으로 알려지고 있다.

2010년을 기준으로 F-15C/D, F-16C/D, AV-8B 및 F-18A-D의 유지비용은 110억 달러정도인데 비해 기존 전투기와 유사한 운용시기가 도래한 2040년대의 F-35의 유지비용은 2012년 달러 가치를 기준으로 199억 달러로 기존 전투기들보다 무려 79%가 증가할 것이라고 우려하였다.

그러나 F-35사업 관계자들은 CAPE의 이러한 분석 결과는 현재 진행 중인 성능개선이나 유지운용의 효율성 개선 효과를 감안하지 않아서 과다 발생하는 것처럼 보이는 것이라고 반박하였다. 

예를 들어 F-35 사업과 관련해서 현재 비용절감계획을 추진하고 있고, 이로 인한 비용 절감 환류 효과가 전혀 포함되지 않았으며, 특히 유지비용 절감을 위해서는 부품공급 체인 단축, 정비유지 신기술 및 절차 개발 등 20여개 과제를 추진하고 있다고 강조하면서 미 회계감사국의 보고서가 이러한 추진내용을 충분을 반영하지 않고 분석을 하였다고 주장하였다.