국방부는 군내 메르스 유입차단을 위하여 예방활동에 모든 역략을 총동원할 계획이라고 밝혔다. 군내 유입차단을 위한 선제적 조치로 입영 대상자 및 예비군훈련 대상자 중 본인 또는 가족의 감염이 의심되는 경우에는 입영 및 훈련 연기를 하게 된다. 또, 장병의 휴가·면회·외출은 모두 통제된다. 이뿐만 아니라, 이벤트성 행사와 축제는 축소되거나 연기되게 된다. 또, 메르스 질병정보 및 예방수칙 등을 장병들에게 교육시키게 된다. 이 교육에는 대규모 집결행사 참가 자게, 유언비어 유포금지, 의심자 즉시 신고 등이 포함된다.