해군은 11월 12일 방송 및 13일 일부 언론의「해군 고속단정 납품비리」 보도와 관련하여 사실관계가 다르다고 입장을 밝혔다. 해군은 해당 보도 중 ‘엔진 화재사고 발생 시 원인 규명 없이 사고를 묵인하거나 단순사고로 축소했다’는 내용은 사실과 다르며, 2012년 2월과 9월에 발생한 고속단정 엔진 화재 시 관련 규정에 따라 상황보고 후 제반절차에 따라 복구 조치하였으며 사고 묵인 및 축소 사실이 없다고 밝혔다.
또한, 보도내용 중 ‘작전 중 고장횟수’는 지난 5년간 10여척의 고속단정에서 발생한 고장의 누적횟수로서 동·서·남해 전 해역에서의 주야간 수시 운용으로 인한 일반적인 고장, 해상 부유물 등의 접촉 등으로 인한 파손 및 정비사례도 포함된 것이며, 이를 고의적으로 은폐한 사실이 없다고 밝혔다.